Lời chỉ trích chung của hệ thống pháp luật ở Indonesia là việc thực thi luật pháp còn yếu.[25] Ngay cả khi luật pháp rõ ràng, và ngay cả khi toà án ra phán quyết rõ ràng, việc thực thi vẫn yếu. Trong những năm gần đây, những lời chỉ trích này thường dành cho các hoạt động của Toà án tối cao Indonesia cũng như các hoạt động của các bộ phận khác trong hệ thống pháp luật Indonesia. Vấn đề này là vấn đề nghiêm trọng của Toà án Tối cao vì việc thực thi phán quyết của Toà án tối cao đặt ra các tiêu chuẩn cho việc thi hành các phán quyết trên hầu hết các phần còn lại của hệ thống pháp luật Indonesia.

Vấn đề trung tâm dường như là các thể chế và cơ chế để thực thi hệ thống pháp luật, bao gồm cả các phán quyết của Tòa án Tối cao, được tài trợ ít và hoạt động yếu. Do đó, có rất nhiều trường hợp chậm trễ kéo dài trong việc thi hành các phán quyết của Tòa án Tối cao.[26] Một ví dụ điển hình được công bố rộng rãi là một trong những trường đại học hàng đầu của Indonesia, Viện nghiên cứu nông nghiệp Bogor, đã được Tòa án Tối cao chỉ thị đưa ra các chi tiết cụ thể về nghiên cứu gây tranh cãi trong viện liên quan đến thử nghiệm các sản phẩm sữa công thức đang bán ở Indonesia. Tuy nhiên, theo phán quyết của Tòa án Tối cao, viện này đã không tuân thủ và thậm chí không trả một khoản phí nhỏ (khoảng 230 USD) phát sinh do kết quả của các thủ tục tố tụng nhất định trong quá trình tiến hành vụ án.[27] Nhiều trường hợp chậm trễ khác thường được thuật lại trên các phương tiện truyền thông Indonesia và bị chỉ trích bởi các luật sư đã thắng án tại Toà án Tối cao.